Футбольный клуб АГМК был основан в 2004 году Алмалыкским горно-металлургическим комбинатом.
В 2004 году, АГМК подал заявку на участие в Первой лиге чемпионата Узбекистана и вскоре заявка была принята. В дебютном сезоне, АГМК занял шестое место. В сезоне 2005 и 2006, клуб занял десятое место. По итогам сезона 2007 года, АГМК занял седьмое место в Первой лиге, но был допущен участвовать в Высшей лиге ввиду того, что два клуба, которые должны были участвовать в Высшей лиге, отказались от участия по финансовым причинам.
В дебютном сезоне в Высшей лиге, клуб занял десятое место из шестнадцати команд и дошел до полуфинала Кубка Узбекистана.
В том сезоне, «Алмалык» установил свой лучший показатель в своей истории выступления в Высшей Лиге — четвертое место.
В сезоне 2010 и 2011 годов, «Алмалык» занял одиннадцатое место в Высшей Лиге. В 2012 году, клуб занял восьмое место, а в следующем сезоне уже пятое место. В сезоне 2014 года, «Алмалык» занял шестое место по итогам чемпионата. В 2015 году повторил результат 2014 года и снова стал шестым. В сезоне 2016 года неожиданно по итогам сезона занял 13-е место, а по итогам сезона 2017 стал седьмой командой Высшей лиги.
В начале января 2018 года клуб объявил о возврате в старое и первоначальное название — АГМК, под которым выступал с 2004 по 2008 год, до переименования в «Алмалык» в 2009 году. В сезоне 2018 года в Суперлиге Узбекистана финишировал на 10 месте, но зато впервые в своей истории выиграл Кубок Узбекистана.
Достижения
Обладатель Кубка Узбекистана (2018)
Обладатель Кубка ПФЛ Узбекистана (2013)
Знаменитые футболисты
Павел Харчик
Омар Бердиев
Назар Чолиев
Валерий Фомичёв
Евгений Гоголь
Алексей Жданов
Артурас Фоменко
Александр Алемпиевич
Шакер Зуаги
Знаменитые тренеры
Игорь Шквырин
Виктор Кумыков
Бахтиёр Ашурматов
