Футбольный клуб «Бухара» был основан в 1989 году. С начала основания и до 1997 года клуб назывался «Нурафшон».
Главная команда Бухары в первом же сезоне чемпионата Узбекистана сенсационно занял второе место. В 1993 году «Бухара» заняла пятое место, а в 1994 стали серебряными призерами Высшей лиги Узбекистана. Этот результат и по сей день является самым высоким достижением команды.
До 2009 года «Бухара» играла в Высшей лиге регулярно, но в том году заняла 15-е место и вылетела в Первую лигу.
В 2010 году команда заняла первое место в Первой лиге и вернулась в Высшую лигу. С 2011 года «Бухара» выступает в Высшей лиге Узбекистана.
«Бухара» занимала 6-е место в турнирной таблице последних двух сезонов.
Достижения
Вице-чемпион Узбекистана (1994)
Знаменитые футболисты
Усман Ташев
Мустафа Белялов
Улугбек Бакаев
Виктор Карпенко
Геннадий Шарипов
Владимир Шишелов
Игорь Иванов
Темур Султонов
Ринат Сайфулин
Мухсин Мухаммадиев
Бахтиёр Хожиахмедов
Павел Леус
Артурас Фоменко
Тадас Гражюнас
Предраг Вуйович
Знаменитые тренеры
Мустафа Белялов
Ислом Ахмедов
Хаким Фузайлов
Усман Ташев
Рауф Инилеев
Геннадий Кочнев
Тачмурад Агамурадов
Эдгар Гесс
